Un almacén de tránsito es una instalación pensada para que la mercancía permanezca en ella el mínimo tiempo posible, normalmente horas o pocos días, mientras se reagrupa o reclasifica antes de continuar hacia su destino final, en lugar de almacenarse durante semanas o meses. Su diseño prioriza los muelles de carga y descarga y los flujos rápidos de mercancía sobre la capacidad de almacenaje en estantería.
Cuando la mercancía ni siquiera llega a depositarse en el suelo y pasa directamente de un muelle de entrada a otro de salida, se habla de cross-docking, una operativa habitual en este tipo de almacenes.